Сериал "Доктор Стоун" начинается с невероятной катастрофы, которая в одно мгновение превратила все человечество в безмолвные каменные статуи. Прошли тысячи лет, пока один из них, обычный парень по имени Тайдзю, неожиданно пробуждается в этом странном и пустом мире. Он находит лишь руины того, что когда-то было их домом, и понимает, что все, кого он знал, застыли в вечном сне.
К счастью, Тайдзю не остается в одиночестве надолго. Вскоре он освобождает своего гениального друга Сэнку, чей ум работает быстрее, чем удар молота по камню. Вместо того чтобы просто выживать, Сэнку сразу же загорается идеей. Он считает, что путь к спасению лежит не через магию, а через науку, и что с ее помощью можно буквально по кирпичику собрать цивилизацию заново.
Так начинается их грандиозное приключение, где главным оружием становятся не мечи, а химические формулы и физические законы. Ребята ставят перед собой, казалось бы, невозможную задачу — вернуть к жизни весь мир, начиная с огня и мыла и заканчивая сложными машинами. Каждый их шаг — это битва разума против первобытного хаоса, попытка зажечь свет знаний в каменном веке, который наступил после конца света.